XDJ-1000MK2 er det eneste produkt i XDJ-serien, der har jog-hjul i fuld størrelse og tilbyder de samme spor-browsing-filtre, som 2000NXS2 giver brugerne mulighed for hurtigt og nemt at finde spor efter BPM og nøgle, såvel som spor, der tidligere blev tagget under afspilning ved hjælp af den nye Matching-funktion. Berøringsskærmen giver en praktisk QWERTY-søgemulighed for at lette navigationen, når du bruger større spordatabaser.

Pioneer har brugt mange af de funktioner, der er udviklet til deres flagskibs multiplayer, når de har skabt XDJ-1000MK2, inklusive forbedret lydgengivelse og en reduktion af støj er opnået ved at adskille strømforsyningskredsløbet til analog lyd fra det digitale kredsløb. Tabsfrie formater understøttes også af MK2 XDJ-1000 - med FLAC og ALAC, der forbinder MP3, AAC, WAV og AIFF som kodningsmuligheder.

MK2 XDJ-1000 kan også prale af forbedrede ydeevnefunktioner, herunder MIDI-controller-interface, der tillader tilslutning af DDJ-SP1 for at lette taktil kontrol af en række funktioner, herunder hot cues, autoloops og slip-tilstand – takket være PRO DJ Link kan op til 4 Pioneer XDJ-1000MK2 styres af en enkelt DDJ-SP1.

Udover ovenstående funktioner tilbyder MK2 XDJ-1000 også DJ's flerfarvede Wave Display og Wave Zoom, Memory Cues, Beat Jump en flerfarvet USB-port og MIDI/HID Control til brug med Rekordbox DJ.